PRIMIERO, Lo primero.
Debes identificar entre las 2 bases, que modificaciones EXISTEN y dependiendo de eso, aplicarlas o no.
Debes RESTAURAR tu base (modificada) en una nueva base y depues con un software especial, realizar dicha comparacion entre ambas bases:
Te dejo las ligas de los aplicativos que hacen dicho trabajo:
http://www.bestsofttool.com/Download_Trial_Select.aspx http://www.red-gate.com/products/SQL_Compare/index.htm http://www.sofation.com/free-free-da...e-install.html http://www.sqleffects.com/ http://www.xsqlsoftware.com/ http://www.comparesql.com/