Lo mejor es usar un sistema de estadísticas, yo diría que google analytics es una gran herramienta solo debes seguir los pasos para registrarte en el sistema y una vez logrado esto tienes unas opciones que son los "referrals" o links de refencia desde ahí te dicen exactamente de donde ha venido el "click".
Obviamente esto es posible hacerlo desde cero, agregando al link del banner algo así:
www.sitio.com/index.php?ref=1
y mediante esto vas asentando, si es necesario, en una base de datos la cantidad clicks que vienen del banner1, banner2, etc.
Espero haber sido claro y de ser así que te sea de ayuda.
Cualquier cosa consultas ;)
Saludos!
