Hola de nuevo:
 
No me digas por qué, no lo entiendo, pero antes de la interrogación la expresión regular pedía explicitamente una contrabarra literal para escaparla: 
Código:
 function urlmegaupload(e)
{
	var patron = new RegExp("^http://www\.megaupload\.com/\\?d=[A-Z0-9]{8}$", "i");
	// Comparamos con Patron
	if ( patron.test(e) )
	{
		alert( "Enlace Correcto" );
		//document.formdown.submit();
	}
	else
	{
		alert ( '"'+ e + '" no concuerda con un enlace MegaUpload \n Ejemplo : http://www.megaupload.com/?d=9MY7CM9X' );
		//document.formdown.url.value = "";
		
	}
}
// llamamos a la funcion
urlmegaupload("http://www.megaupload.com/?d=9MY7CM9X");
  Si alguien nos lo puede explicar no estaría de más.  
Saludos.