Duda conceptual

[Calisco]

Hola; he estado en estos tiempos escribiendo una clase de javascript a través de mootools ... y a veces me empiezo a preguntar hasta donde puede agregar funcionalidades a la misma.
A medida que voy evolucionando su comportamiento, lógicamente, el código fuente empieza a aumentar.
La pregunta es el límite. Realmente no se cuando un script deja de ser funcional para empezar a ser fastidioso.

Otra pregunta que tengo es ... cuan buenos o malos son los if dentro del script. A ver ... a medida que voy agregando funcionalidad estoy obligado a decidir ciertos comportamientos en función de valores de variables; para eso suelo utilizar if.

Cuan lento puede llegar a ser esto en el funcionamiento global ?
Como puedo evitarlo ?

Finalmente, alguien puede recomendarme un buen libro o artículo de js un tanto avanzado donde se manifiesten este tipo de complejidades ?; si es posible, en castellano.

Saludos y Gracias.