Normalmente no hay muchas cosas que cambiar de local al server, los vínculos trabajalos relativos y así no habrá que cambiarlos (eso es lo que entiendo que te pasa).
Ejemplo:
en vez de:
Código HTML:
<a href="http://misitio.com/carpeta/archivo.php">link</a>
usas
Código HTML:
<a href="carpeta/archivo.php">link</a>
Así la ruta es relativa y no tendrás que cambiar vínculos al cambiar de server.
Si la duda era otra, explícala y miramos.
Saludos