Prueba escapar la variable:
Código PHP:
echo "<input type='text' name='Logro_$Conc' value='$NotLo' size='1' maxlength='3' style='background-color:#F7F2BB; color:black' onkeydown='return ControTeclado(this, event, \'Logro_$ConcSiguiente\', \'Logro_$ConcAnterior\', \'$Jv1\'); ' />";
Saludos.