Prueba así:
Código PHP:
$varped = "A";
$pedidoquery = mssql_query($pedido)or exit(mssql_get_last_message());
while ($pedido_resultado = mssql_fetch_array($pedidoquery)){
?>
<tr>
<td><? echo $pedido_resultado['Pedido'];?></td>
<td><? echo $pedido_resultado['StatusPedido'];
if (trim($pedido_resultado['StatusPedido']) == $varped ){
echo "SI";
}else{
echo "No";
}
?></td>
Saludos.