¡Más vale que eres precavido, si no, qué marrón!
Veamos. En este caso la cosa creo que es diferente. A mi me ocurre al validar archivos xml con una aplicación basada en Omnimark, que luego serán cargados en Documentum; sencillamente da el error de validación (por cierto, error que no indica y debes descubrirlo a güevo), y no validan.
Pero en tu caso estamos hablando de Wordpress, y sí es posible que tenga algo que ver. No por él mismo, sino por los archivos php. En la configuración por defecto de Apache creo que está establecido que sirva los archivos php como ISO-8859-1, y por eso a veces encuentra problemas al ejecutar php en UTF-8 con los malditos bites.
Dentro de las posibles soluciones está cambiar la configuración de Apache, y también la que hemos comentado, que es eliminar esos caracteres mediante alguna aplicación, que al parecer como dices DW puede hacerlo.
Es curioso, pero si como dices es la primera vez, quizá sea la primera vez que combinas php+UTF-8+EditPlus+(con BOM)+Apache.
Creo que la cosa puede venir por ahí.
Ya contarás.
Mikel.