¿Que versión de Windows manejas?, yo no tengo problemas para usar microtime() bajo Windows XP.
El manual específicamente dice:
Cita: microtime() returns the current Unix timestamp with microseconds. This function is only available on operating systems that support the gettimeofday() system call.
Windows soporta esta llamada, por lo que mas bien, es que versión de Windows manejas, igual y tienes desactivado algo especifico.
Saludos.