Muchas gracias! Aprendí mucho sobre mod_rewrite, al final mi htaccess quedó así por si a alguien le sirve mi solución (tal vez haya una mejor, pero pues esta funciona):
Código:
RewriteEngine on
Options +FollowSymLinks
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^(.*)(genma|julie)(.*)$
RewriteRule ^(.*)/(.*)/$ /index.php?sec=$1&a=$2 [L,NC]
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^(.*)(genma|julie)(.*)$
RewriteRule ^(.*)/$ /index.php?sec=$1 [L,NC]
Siendo genma y julie las carpetas a las que si se meten, no quiero que mod_rewrite reescriba la URL, y lo demás sigue funcionando igual.