Así puedes almacenar en un arreglo multidimensional:
Código PHP:
$query = "SELECT * FROM tabla";
$result = mysql_query( $query ) or die( mysql_error() );
$arreglo = array();
while( $row = mysql_fetch_array( $result ) ) {
$arreglo[] = $row;
}
var_dump( $arreglo );
Saludos.