Hola,
En la mayoria de los motores de base de datos, el tipo datetime tiene presicion de segundos.
Cita: ..cual lo hace automáticamente o tengo que yo mismo crear el script que me tome esos datos del servidor o de la maquina.
Aqui tienes que decidir de donde vas a tomar la fecha y la hora, puede ser del servidor de aplicaciones o de la base de datos, no necesariamente son el mismo equipo. Otra vez, todos los motores de base de datos con los que trabaje tienen una funcion que devuelve la fecha y la hora.
Saludos