Tienes un error en tus consultas:
Código PHP:
<?php
$entrada = $_POST['entrada'];
$hora = time();
$db = mysql_connect ("localhost", "root", "");
if(!$db){
echo "error de conexion";
exit;
}
mysql_select_db("comedor");
if($entrada){//puerta principal
$sql = "SELECT usuario, hora FROM comedor WHERE usuario = '$entrada' AND hora = '$hora'"; // Te faltaba el AND
$result = mysql_query($sql, $db) or die( mysql_error() );
$row = mysql_fetch_array($result);
if(empty($row)){//P A
$sql1 = "INSERT INTO comedor(usuario, hora) VALUES('$entrada', '$hora')";
$result1 = mysql_query($sql1, $db) or die( mysql_error() );
}else{
if($hora==$row['hora']){
echo"usted ya almorzo";
}else{
$sql2 = "UPDATE comedor SET usuario = '$entrada', hora ='$hora' WHERE usuario = '$entrada'"; // Te sobraba el AND y el FROM
$result2 = mysql_query($sql2, $db) or die( mysql_error() );
echo"<h2 align='center' class='style1'>Buen provecho</h2>";
}
}
}
?>
Saludos.