Pues vienen ejemplos de sitios que usan esa aplicación y de como instalar el ffmpeg pero no del script en php que hay que usar para hacer la conversion de un video a flv..
Pero acabo de encontrar esto y creo que con esto queda aclarada mi duda.
les dejo el link por si ha alguien le interesa..
http://vexxhost.com/blog/2007/05/20/...ng-ffmpeg-php/
Saludos..........