Lo de las consultas en mysql, puedes probarlas en la misma consola, pues te muestra cuanto tiempo demoro en realizarla, en cuanto a los script de php, bueno basicamente se con sintaxis adecuada, pero podrias obtener la hora al iniciar el script, y repetir el proceso al terminar el script, esto te daria dos valores la diferencia seria el tiempo que demoraria tu script en ejcutarse. Espero te sirva...
