Lo que pasa es que tienes que ciclar las respuestas:
Código PHP:
foreach( $datos as $pregunta ) {
$idPregunta = $pregunta['idpregunta'];
$respuesta = "SELECT * FROM respuestas WHERE idpregunta='$idPregunta' ";
$resultado = mysql_query($respuesta);
while ($linea = mysql_fetch_array($resultado)){
echo "".$linea["idrespuesta"]." | ".$linea["respuesta"]."<input type=checkbox name=".$linea["idrespuesta"]." id=checkbox /><br>";
}
}
Saludos.