A ver, a mi modo de ver esos artículos extensos se guardan separados, manteniendo sin embargo una relación entre ellos (Un ID de tema, digamos). Luego, al hacer la consulta, buscas todos los registros con el mismo ID, que correspondería a un sólo artículo. Si encuentras más de uno, pues muestras el primero y pones links hacia los siguientes.
Ahora, sobre el formateado de los textos al guardar en la base de datos. Depende de lo que requieras. Personalmente, en mi blog, guardo el texto con BBcode, y luego al mostrar recién formateo, esto por si algún día quiero cambiar el formato de algo. No es necesario insertar código HTML directamente en la base de datos, y para mí, no es recomendable. Si lo haces con algún tipo de código especial (BBCode) te dás la opción de variar la presentación de tus artículos (Para un feed, digamos)
Un saludo,
