Cita: 1.
Warning Character Encoding Override in effect!
The detected character encoding "utf-8" has been suppressed and "iso-8859-1" used instead.
Esto significa que el archivo está codificado con UTF8. Sin embargo la cabecera del documento le indica que es ISO.
Se debe a que el servidor lo sirve por defecto en UTF8 o bien que el editor que utilizas lo graba como UTF8 (es una característica del archivo en si). En editplus se puede cambiar a la hora de guardar el archivo eligiendo el nombre, la extensión y la codificacion: ANSI o UTF8
Cita: 2.
Warning DOCTYPE Override in effect!
The detected DOCTYPE Declaration "<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">" has been suppressed and the DOCTYPE for "XHTML 1.0 Transitional" inserted instead, but even if no errors are shown below the document will not be Valid until you update it to reflect this new DOCTYPE.
La cabecera está mal redactada. Busca la cabecera correcta para un fichero XHTML, ya que estás diciendo que es un HTML pero con los estandares XHTML...
Cita: 3.
Warning Character Encoding mismatch!
The character encoding specified in the HTTP header (utf-8) is different from the value in the <meta> element (iso-8859-1). I will use the value from the HTTP header (iso-8859-1) for this validation.
Esto es lo mismo que cuento en el punto 1 pero refiriendose más concretamente a la cabecera que le envía el servidor.