En el post de Maborak propone usar por ejemplo:
 
Código:
 element.innerHTML = ajax.responseText.stripScripts();
  Eso hace que los tags de <script src="archivo.js"></script> desaparezcan, así que lo que debes de hacer es algo así: 
Código:
 var script = ajax.responseText.extractScript();
element.innerHTML = ajax.responseText;
script.evalScript();
  Saludos.