ah si uso phpmailer, y el contenedor trabaja con ajax, y bueno encontre la solucion, es mas o menos asi:
(tambien olvide mencionar que recibo el nombre de las variables por get nombre de las variables var1 y var2)
Código:
//donde en mi php me llegan las variables $a[1] y $a[2] (de la funcion js)
$x=$a[1];
$y=$a[2];
$link= "?unidad=0"???????;
//como podria fabricar el link?
$mail->Body = "Estimado(a) ".$nombre.":\n\n";
$mail->Body.= "Te invito a ver lo siguiente \n\n";
$mail->Body.= $link." \n\n";
//la url se queda siempre igual, como hacer que esta se haga linkeable?
$link= MAILURL."?unidad=0&var1=$x&var2=$y";
y asi era, ojala le sirva a alguien