No entiendo la pregunta.
Las funciones integradas en PHP están en el núcleo mismo, y las que proveen los módulos opcionales están en las bibliotecas de los mismos módulos.
¿Estás diciendo que estás programando módulos para PHP?
Si simplemente tenés funciones en un archivo .php, basta con que incluyas el archivo en la página en la que querés que las funciones se usen, estén en la carpeta que estén.
No conozco ninguna opción que te permita decir algo como "si no está definida la función, buscala aquí".
A menos que quieras usar
auto_prepend_file para que antes de procesar cualquiera de tus archivos, se procese otro (que podría tener las definiciones de funciones que necesitás).
Saludos.