Los valores posibles de la variable $registro serian
false si el rubro no existe y un
identificador de recurso si existe
Por ende: if
($rubro==$registro) esta mal porque exista o no el rubro la comparacion no se esta haciendo en forma correcta.
Prueba de esta manera:
..
Código PHP:
$busqueda="select opcion FORM rubros where opcion='$rubro'";
if ( $registro=mysql_query($busqueda,$conect) )
{
echo "el rubro ya existe";
}
else
{
$query="INSERT INTO rubros (opcion) values ('$rubro')";
if (mysql_query($query,$conect))
print "rubro añadido correctamente";
else
print "error al añadir rubro";
}