Y sólo te pasa con Internet Explorer, es porque IE desde hace un tiempo bloquea el contenido, para activarlo debes incorporar tu flash en el html de un modo diferente, la forma más fácil es con algún código javascript ya preparado, uno de los más útilizados es SWFObject, lo puedes encontrar aquí:
http://blog.deconcept.com/swfobject/
tambien está toda la explicación de cómo se utiliza.
Saludos.