Como optimizar mi aplicacion PHP

[tiki_tanga]

Saludos cordiales, pues despues de mucho tiempo por fin logre terminar mi primera aplicacion en PHP y MySQL, ahora bien, he estado haciendo algunas pruebas ya en un web hossting y pues resulta que despues de tres o cuatro consultas comienza a hacerse lenta la conexion hasta llegar a un punto de no poder hacer nada, ya que se queda cargando todo el tiempo sin completar las consultas, y despues me manda el error de limite de conexion con MySQL, se que, como es mi primer programa debe de contener muchos errores, asi que me gustaria saber desde donde puedo comenzar a depurarlo, he escuchado que el bajo rendimiento de los programas se debe muchas veces al mal uso de las tablas MySQL, de que forma debo comenzar a depurar mis tablas y mi programa?, o tal vez el problema no sea de mi aplicacion?, como puedo comprobar que mi aplicacion esta ocasionando el problema?, se que son muchas preguntas, pero si alguien con mas experiencia que yo pudiera ayuarme, se lo agradeceria muchisimo