Si te conserva los números del id, en realidad te está evitando un problema mayor. Me explico: al parecer RESTORE tiene un problema consistente en que cuando tu borras un registro y su número de id, al hacer la restauración rehace el autoincrement modificando la numeración y 'reparándola'. Eso podría causar un daño irreparable a la relación entre las tablas, y -esto es una suposición mía- los programadores deben haber pensado que lo mejor es quitar la condición de autoincrementable y dejarlo en simplemente numérico para hacer el restore y poder guardar el dato. Tú sólo tendrás que hacerlo de nuevo autoincrementable y todo funcionará bien. El problema parece haber sido soslayado, según dicen, en el manual.
Échale un vistazo a este enlace, que es donde yo vi el problema:
http://ebergen.net/wordpress/2007/01...uto-increment/