Error al Conectarme a MySQL desde PHP

[solinem]

Que tal:
Yo también estoy experimentando el mísmo problema.
Este se presenta de manera INTERMITENTE:
La aplicación funciona perfectamente, pero de repente, el servidor deja de responder por varios segundos, después de los cuáles vuelve a funcionar correctamente.
He detectado que el error se presenta justo cuando el uso del CPU llega a 100% (cosa que creo que jamás debería suceder, ya que se supone que MySQL es multithread y aunque esté ocupado, debería recibir nuevas solicitudes, aunque solo sea para que esperen a que los procesos anteriores terminen para ser procesadas.
Efectué incluso cambios al registro de Windows, ampliando el no max de conexiones a 65534
que es el máximo permitido.
También reduje el tiempo de vida de las conexiones en espera a 30 seg.
Pero nada de esto modificó el comportamiento del error.
Desafortunadamente, debido a esta clase de problemas, estoy inseguro se debemos continuar con el desarrollo en MySQL o será mejor migrar a otra base de datos como DB2, teniendo que modificar muchas cosas en el sistema.