No te entendí muy bien que queires lograr, para mi ¿quieres obtener todas las posibles combinaciones de las dos tablas? Si es así intenta un cross join:
Código:
SELECT a.id AS id1, a.categoria AS cat1, b.id AS id2, b.categoria AS cat 2 FROM tabla1 a CROSS JOIN tabla2 b
Quizás con las posibles combinaciones puedes hacer un:
Código:
INSERT INTO tabla3 SELECT a.id AS id1, b.id AS id2 FROM tabla1 a CROSS JOIN tabla2 b
Pero todo es especulación, si elaboras un poco más seguramente te podremos ayudar mejor.
Saludos