Manejar con php una base de datos grandisima

[mafima]

Buenso dias, habia hecho un sistema para una comunidad, todo fucnionaba muy bien pero despues de que tuvimos mas de 12000 usuarios el servidor dedicado empezo a fallar y a atascarse

Se que el problema esta es en la forma en que programé el sistema y estructure la base de datos, porque en el mismo servidor tenemos otra comunidad ( porgramada por una empresa ) con mas de 13000 usuarios y un chat en HTML ( sin ajax ) y esta comunidad no atasca el server.

una de los factores determinantes era que el servidor se demoraba mucho haciendo cualquier query entonces se iban acumulando las conexiones hasta que se producia un error TOO MANY CONNECTIONS, ( todo esto lo investigue siguiendo los LOGS del server y haciendo seguimiento continuo via TELNET y SSH )

Ahora he tomado la decision de reestructurar la base de datos y hacer de nuevo los QUERY y quiero que me den consejos de que debo tener en cuenta, ( TODO lo necesario para que no se me bloquee el servidor).

les explico un poco la estructura de las tablas:

hay un tabla de usuarios_genenerales.
ID_usuario
usuario
clave
edad
sexo

Hay una tabla de usuarios_intercambio
ID_usuario_intercambio
ID_usuario
Fecha_de_intercambio
pais_intercambio

hay una tabla de idioma
ID_usuario_idioma
ID_usuario
idioma_enseña
indioma_aprende


mas o menos es asi, entonces el susuario se registra en la tabla de usuarios geneales y ya elije si quiere ser de intercambio o de idiomas o de ambos.
las tres tablas se relacionan con el campo ID_usuario.

Una de mis preguntas es:

1. Será mejor juntar todas las tablas en la primer tabla usuarios_generales ?
2. es mejor tener un solo campo clave como index?
3. los ID los pongo como autoincrementables o mejor los inremento yo manualmente.

Cuales pueden ser los factores para que mis consultas sean rapidas?

De antemano muchas gracias. acepto caulquier sugerencia.