Hola de nuevo, ya encontré el error, más grande y no lo veo. Resulta que tenía register_globals en off y claro no funcionaba nada. 
 
La solución que he encontrado puede no ser la más segura, pero en mi caso son más de 60 archivos a modificar y sinceramente las páginas que son no merecen el trabajo por ser muy antiguas y con poco uso. 
La solución es introducir en siguiente código al principio de los archivos implicados: 
 Código PHP:
    <?php
// Emular register_globals on
if (!ini_get('register_globals')) {
    $superglobales = array($_SERVER, $_ENV,
        $_FILES, $_COOKIE, $_POST, $_GET);
    if (isset($_SESSION)) {
        array_unshift($superglobales, $_SESSION);
    }
    foreach ($superglobales as $superglobal) {
        extract($superglobal, EXTR_SKIP);
    }
}
?>    
  Espero que esto os sirva.