Código PHP:
<?php
$consulta_idiomas = mysql_query("SELECT establecimientos.id, idiomas.idioma,idiomas.pais,establecimientos2idiomas.id_estFROM
establecimientos
LEFT JOIN establecimientos2idiomas ON establecimientos.id = establecimientos2idiomas.id_est
LEFT JOIN idiomas ON establecimientos2idiomas.id_idioma = idiomas.id
WHERE establecimientos.id = '$id'",$connect);
if($idiomas = mysql_fetch_array($consulta_idiomas)){
echo '<li><div>';
do{
echo "<img src=\"imagenes/banderas/".$idiomas['pais'].".png\" alt=\"".$idiomas['idioma']."\" title=\"".$idiomas['idioma']."\" /> ".$idiomas['idioma']."<br />";
}while($idiomas = mysql_fetch_array($consulta_idiomas));
echo '</div></li>';
}
mysql_free_result($consulta_idiomas);
?>
yo lo haria así, usando primero un if (para saber si existe algo) y luego un do while, para insertar los datos :)