La que no que quieres que se repita, tambien tienes que volverla MovieClip, y a esta es a la que aplicas el Stop, pero este, debes colocarlo en el ultimo fotograma del movieclip, no de la escena general.
Yo normalmente, para convertir una animacion ya hecha, en un movieclip, lo que hago es seleccionar los fotogramas que quiero incluir en él; pulso: Ctrl+F8, elijo "Clip de pelicula" (o MovieClip), y se abre. Hago click con el boton derecho en el 1º fotograma (vacío) del MC, y le doy a "Pegar fotogramas". Luego al ultimo fotograma de cada MC, es donde aplico el STOP (las que no quieras parar, no les pongas STOP).
Haz eso con cada animacion por separado. Estos MC se iran guardando en la Biblioteca... asi que podras cogerlos de ahi y colocarlos en la escena como mejor te convenga.
No se si me explique bien
De todas formas, yo tambien soy algo novata, asi que lo mismo hay un forma mas sencilla. Pero de momento, prueba con eso.