Me voy a esponder yo mismo
El problema radicaba aqui:
Código:
RewriteRule ^Error/E([0-9]*)/(.*)\.html$ /error.php?msj=$1&nofunciona=$2 [L]
Que la carpeta se llamaba Error y el fichero *.php se llama error.php asi que lo que hacía era error.php/E056450/560450.html
Diciendo que la carpeta es Error2/ en el htaccess se soluciona todo
