Tendras que pensar una logica que te lo permita pero en eso no te puedo ayudar puesto que dependerá de tu "negocio".
Por ejemplo si el primer checkbox de un grupo esta ligado al primero de otro grupo ya tienes la logica a seguir
supongamos que $i es la variable que usas para recorrer el array
Código PHP:
echo "<input id='grupo1" . $i . "' type=checkbox
style='border:0' value='{rdc}' name='rdc[]'
onClick=\"checkOrUnchekOne(this,'grupo2" . $i . "');\">"
ya tenemos cada checkbox "$i" del grupo uno emparejado con el checkbox "$i" del grupo dos...
otra logica posible la pareja debe ser el checkbox siguiente
Código PHP:
$j=$i+1;
echo "<input id='grupo1" . $i . "' type=checkbox
style='border:0' value='{rdc}' name='rdc[]'
onClick=\"checkOrUnchekOne(this,'grupo1" . $j . "');\">"
en esta el último no tendria pareja...
Quim