IE se confunde porque tienes un tamaño fijo en el body. Quítale el tamaño fijo y los márgenes al body, y pónselo al wrapper. También tienes que quitarle el float al wrapper para que no se vaya a la izquierda:
   Código HTML:
 body {
    font-size: 100.01%;
    color: #464646;
    background-color: #B1BABE;
    font-family: Geneva, Arial, Helvetica, sans-serif;
    background-image: url(../img/bg.jpg);
    background-repeat: repeat;
}
#wrapper {
    background-color: #B1BABE;
    width: 775px;
    margin-left: auto;
    margin-right: auto;
}
 tambien puedes quitar el "background-repeat: repeat;" del body ya que ese es la propiedad defecto.