Lo que te dicen los dos sitios que haz encontrado es bastante simple, solo hay que pasar la línea del comando a ejecutar mediante las funciones exec()[1] y system()[2] de PHP. Es así de simple.
Ahora, primero: ¿qué no mlnet implementa ya una interfaz web?; al menos así lo tenía entendido. Segundo: no sé exactamente como se trate la información cuando el comando te espera el infreso de información (como el usuario y contraseña), así que busca si dentro de los parámetros de entrada están el especificar el usuario y contraseña a ser utilizados (seguramente se podrá) y se facilitará la tarea ya que solo construirías la cadena a ejecutarse con dichos parámetros.
Suerte
[1]
http://www.php.net/function.exec
[2]
http://www.php.net/function.system