tengo un script con bucles y funciones que tarda mucho, como puedo hacer ?

[.php]

aca se diferencia los programadores, se llama ingenieria de software,
lo q te explican aca es como optimizar tu codigo aparte de como cobrar un software,
pero el tema es otro, yo de ti revisaria mi codigo con calma y lo programaria en otros lenguajes,
una vez esto empezaria a cambiar el codigo como por ejemplo en vez de un for utilizo un foreach
por que?? para utilizar menos variables $i, lo otro le haria una limpiaza a mi array antes de pasar al for, por que más que seguro existen espacios en blancos.
y lo otro se ve bien tu codigo, solo debes intentar de optimizar la apertura del fichero y el for.

por que lees linea por linea el fichero y lo pasas al for por cada linea.