facil usa una comilla distinte en tu echo hasta que aparesca la misma y luego haces otro echo con comilla diferente y asi sucesivamente... o tambien podes poner en un solo echo pero con barras invertidas...
Código PHP:
<?php
if (condicion) {
echo '<a href="#" onClick="';
echo "MyWindow=window.open('grafnotes1a.php','M yWindow','toolbar=no,location=no,directories=no,st atus=no,menubar=no,scrollbars=no,res
izable=no,width=540,height=240'); return false;";
echo '"><img src="images/grafica1.jpg"></a>';
}
?>