Hola luigidc, realmente no he probado Flex con Java, lo he estado testeando con PHP , pero considero que te sería útil WebOrb, que permite crear instancias de tus clases en diversos lenguajes del lado del servidor, y entre ellos se encuentra Java, lo puedes encontrar en el sitio:
http://www.themidnightcoders.com/weborb
En los foros de cristalab se listan algunos artículos sobre WebOrb, pero por lo que leí también son válidos para Java. Espero te sea útil. Ya que empleando WebOrb permite emplear RemoteObjects (empleando el protocolo binario AMF) de una forma semi transparente en Flex, los cuales permiten invocar métodos de las clases definidas en el lado del servidor y manipular los resultados de las operaciones de una forma simple y clara (en mi opinión). Espero que te sea útil
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