Buscar similitudes entre imágenes

[hvpareja]

Noticias nuevas, necesito vuestra ayuda:

Mirad, me he atascado un poco;

El código que estoy haciendo escanea la imagen de izquierda a derecha, cuando llega al final baja una linea y otra vez comienza de izquierda a derecha. Pero cuando llega a un sitio que encuentra varios pixeles que no coinciden con el "fondo" (recordad que es el color que más se repite) se para y comienza otra función que pretende aislar el cromosoma metiéndolo en un array:

Ahí está mi problema, se me ocurrió haciendo, primero una función que cambie de dirección el puntero, así, cuando llega al fondo cambia y sigue introduciendo los pixeles en el array conforme baja en el eje de la y. Es, para que lo entendais, una especie de búsqueda en "s" por encima del cromosoma; pero no funciona muy bien, solo coge la puntita del cromosoma, y ya he probado con varias imágenes distintas y hace lo mismo, hay algo que lo para.

Necesito que me propongais una solución distinta, ¿cómo lo haríais?¿cómo lo hago?