Impedir que otras webs enlacen mis archivos

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Quizá lo más rápido es que las descargas sean de ficheros comprimidos con clave. Y que esa clave vaya variando.

Otra forma mejor, pero requiere más trabajo es hacer un downloader en tu web que compruebe el "referer" del que viene el enlace y si es externo a tu página le retornas un fichero vacío o con el contenido que quieras.
Por ejemplo. Para controlar las descargas de los .mp3 le pones una regla con mod_rewrite en tu fichero .htaccess para que Apache sirva los accesos a ese tipo de ficheros a través de un programa (php, perl o lo que prefieras) de tu servidor.
Dicho programa comprueba la variable de entorno HTTP_REFERER y solo cuando proviene de tu web le retornas el fichero pedido (aquí es importante poner bien el content-type correspondiente al tipo de fichero).