APF es un firewall propiamente dicho, basado en shell scripting, si bien contiene módulos anti-dos y otras aplicaciones que se complementan como BFD, no deja de ser un firewall y nada más.
CSF esta escrito en Perl y no es sólo un firewall, es una suite de seguridad, incorpora muchas de las funcionalidades de BFD y mucho más, además también inspecciona procesos, archivos, tiene un sistema anti-dos bastante efectivo (aunque consume bastantes recursos si se lo usa con mucha frecuencia).
Rfx (el creador de APF) ha lanzado nuevas versiones en estos últimos meses con pequeñas modificaciones, pero como dije antes, sigue siendo sólo un firewall. Si quieres un firewall ve por APF y realiza el resto a mano, si quieres un todo en uno, usa CSF. No creo que esto sea un "APF vs CSF", por que son dos aplicaciones diferentes, a gusto del consumidor
Saludos,