Según como quieras que sean las ondas, si ondas estilo mar, que ves de lado, utiliza Efecto -> Distorsionar -> Deformación con ondas.
Si en cambio quieres crear el efecto de ondas en el agua, de las circulares, utiliza Efecto -> Distorsionar -> Desenfocar y enfocar. Cambiando el radio y las otras cosas conseguirás un buen efecto de ondas en el agua.
Otra cosa que puedes hacer y que queda muy bien es, para crear una especie de textura y que parezca que el vídeo mismo es agua, es utilizar Efecto -> Distorsionar -> Desplazamiento Turbulento. Dentro, pon el tamaño al mínimo y pon la evolución para que parezca que el agua se mueve. Cuanto más nivel tenga más turbulenta será la superficie del agua, y cuanto más tamaño pongas, más grandes las ondas (aunque a mi me gusta más con el tamaño al mínimo)
Te habrás dado cuenta que al utilizar todos estos efectos, se producen en los bordes del vídeo partes "de color negro" y que lo afean bastante. Para quitar esto utiliza Efecto -> Estilizar -> Mosaico en movimiento. Aquí elige reflejar bordes y aumenta el ancho y el alto de salido hasta donde creas oportuno. Para que funcione, el efecto de mosaico en movimiento debe ser el que esté más arriba de la lista de "controles de efectos" del vídeo.
Espero que te haya servido, ¡un saludo!
PD: El Efecto -> Simulación -> Cáustico también sirve y da efectos muy buenos y profesionales, aunque es bastante más complejo y necesita reflejos y demás. Aún así, sólo tienes que utilizarlo y probar todas sus posibilidades.
PD2: Ahora me he dado cuenta de lo del fondo. Si quieres hacer que el logo esté como si fuese en el fondo de una piscina, debes poner encima una imagen que parezca agua. No te va a servir un sólido azul pues tiene que ser una imagen con diversos colores. Lo que mejor te puede venir es una textura de agua, aquí hay varias:
http://www.bibliocad.com/cad/biblioteca/texturas/agua/
Aún así, el efecto que produce que un objeto esté en el fondo de un recipiente con agua hace que el mismo objeto se distorsione con las ondas de encima. Por ello, no tienes porque utilizar textura de agua y simplemente, colorea un poco el vídeo para que parezca agua, así azul o como tú quieras.
La verdad es que hay bastantes métodos, prueba y elige el que más te guste.