Aver... lo que tu planteas es que si un Admin cambia las variables de configuracion en la aplicacion web "en caliente" los usuarios que esten navegando van a sufrir problemas?
Bueno... ahi no se como resolverlo... quizas dando de baja el sitio por mantenimiento durante unos minutos mientras se realizan los cambios?
En cuanto a donde guardar las variables de configuracion, puede ser:
-En una base de datos.
-En un XML
-En un ASP usado como include (como haces ahora) y modificar el archivo con FSO
-En un txt (poco recomendable)