En Thunderbird existe la opción compactar carpetas, no se si es lo que necesitas, esta en menú Herramientas - Opciones - Avanzadas
También podrías usar un filtro tipo...
[ antigüedad en días ] - [ es mayor que ] - [ ingresar cantidad ]
[Mover mensajes a] - [carpeta x]
No se si habrá alguna extensión que maneje mejor esto, en todo caso podrías consultar en el foro de soporte de Mozilla Thunderbird
http://www.mozillaes.org/foros/index.php