Enga, que no es tan dificil ;)
  
TABLA : 
idFila - IDusuario - Fecha - numRegistros   
Efectua Borrado  
 Código PHP:
    
<?php
function borrarRegistro($idUsuario)
{
    $id = $idUsuario ;
    $fechaHoy = date('Y-m-d') ;
    
    // Eliminamos todos los Registros anteriores al dia de hoy ( para no llegar a tener una tabla de 12983719028 registros) 
    
    mysql_query("Delete from borradosUsuarios where fecha < $fechaHoy") ;
    
    $qry = mysql_query("Select count(*) from borradosUsuarios where IDusuario='$id' and fecha='$fechaHoy'") ;
    $res = mysql_result($qry,0) ;
    
    // Comprobamos si el usuario ya ha Eliminado algun registro hoy
    
    if ($res == 0) // Aun no ha borrado ninguno
    {
        mysql_query("Insert into borradosUsuarios values('','$id','$fechaHoy',1)") ;
        // codigo para borrar la Fila ;
    }
    else if ($res == 3) // ya ha borrado los 3
        echo 'No se le permite hacer mas Borrados' ;
    else
    {
        mysql_query("Update borradosUsuarios set numRegistros=numRegistros+1 where IDusuario='$id' and fecha='$fechaHoy'")
        // codigo para borrar la Fila ;
    }
}
?>    
  
Ale !! ;)