El FLV debe ir dentro de un reproductor SWF, el SWF contiene los controles y llama al FLV de manera externa, es decir, el FLV no lleva una "etiqueta" lo lleva el SWF y ya desde ahí haces los malabares que necesites...
Pero igual, si no usas Flash, no puedes hacer ni el contenedor y el FLV que puedas crear con otros programas podrá ser reproducido a menos que uses servicios gratuitos de alojamiento de FLV´s donde te dan una especie de plantilla HTML con el código que ellos digan y no se si repetando los dichosos estándares....
Youtube respeta los estándares??? Porque maneja el pecaminoso video FLV, H.264 y SWF... Y sin embargo es uno de los sitios TOP :P
Camstudio es un programa capturador de pantalla, al parecer mucho para tu compu, ahora, cómo pensarías hacer un SWF sin flash?? o piensas hacer lallamada por comando puro
Pasamos de HTML a Multimedia a Flash...
Así en frío lo que te "conviene" es crear un reproductor de windows media llamando video wmv, para ser visto solo en PC, y te evitas codificaciones y pecaminosos SWF's.. :P