Hola.
Si vas a tener miles y miles de categorías es una locura crear una tabla para cada categoría, pues tendrías miles y miles de tablas y sería un caos.
Yo crearía una tabla que contenga los datos de las categorías, por ejemplo: cat_id, cat_name...., otra tabla que contenga los hilos, temas o topics: topic_id, cat_id, topic_name, topic_author.... y otra tabla que contenga los mensajes o posts: post_id, topic_id, post_title, post_author, post_content, post_date.....
De esa forma, cuando quieras listar todos los temas que hay para una categoria determinada, sólo tienes que decir:
Código:
SELECT * FROM topics WHERE cat_id=$id_cat
O cuando quieras obtener los mensajes del tema:
Código:
SELECT * FROM posts WHERE topic_id=$id_topic
No sé si me explico. En los enlaces que te daba antes te viene esto que te comento explicado detalladamente. También puedes bajarte el foro phpBB3 y ver como organiza sus tablas en la base de datos.
Saludos.