Mira, yo padeci lo mismo y mi problema fue que mi servidor hacia respaldo a las 02:00 horas del dia, en la mañana siguiente que entraba a revisar mi BD me sucedia lo mismo que a ti.
Pregunta a que hora hacen respaldo de informacion y averigua si eso te causa tu falla.
O bien, pregunta si tienen un " balanceo de carga" en el servidor, y que posiblemente te ocasione que algunas veces funcione tu BD y otras no.
La BD mia que te comento es de 5 MegaBytes.
Espero te sirva de algo.
