Cita: <input type=checkbox name=prueba >
Si no le pones valor al checkbox ni tampoco le cambias el nombre, va a ser dificil que distingas cuando te han marcado un fichero u otro.
Lo normal sería que hicieras algo como
Cita: <input type="checkbox" name="fichero" value="<%= name %>" >
Con eso al darle a enviar te mandaria un array de Strings con los nombres de los ficheros marcados. Lo recibirias con getParameterValues(). De todas formas, quiza lo mejor seria enviar la clave primaria del registro donde guardas el nombre del fichero, a no ser que tu clave primaria sea el nombre.
Igualmente, lo de mezclar todo junto el codigo de acceso a a BDD con el codigo que genera el HTML no se considera buena practica, excepto para cosas pequeñas. En cuanto la cosa crece un poco el mantenimiento se vuelve caotico.
S!