Disculpa, no habia leido todo correctamente:
Código PHP:
$username = $_POST["username"];
$password = md5($_POST["password"]);
echo $password; //fijate que sale aca
Si en esa linea esta el password completo igual al que tienes en la base de datos el problema esta en php.
Si por el contrario son distintos, debes revisar en php asi:
Código PHP:
$password = md5('TUPASSWORD');
echo $password; //fijate que sale aca
Y ver si esta bien... sino... es porque al ingresar el password hay algo que no esta funcionando.
Puede ser por el largo del campo o porque estas ingresando un espacio al final o al principio de la cadena.
Ahi tienes varias opciones. De todas maneras envianos el codigo de ingreso para poder corroborar que todo este bien.
Suerte